lncRNA研究大神，看看你都认识谁，之二
前天我们从通过中科院生化细胞所陈玲玲的一篇综述《Research Progress of Long Noncoding RNA in China》简单介绍了这些年在lncRNA这个方向出现的大神，小伙伴们纷纷表示lncRNA研究似乎成了二军大和中科院两家独大的情况。其实是我们梳理主要从他们的研究角度来分的：干细胞多能、肿瘤的发生发展以及免疫细胞，这两所单位在这三个方面的lncRNA工作所引发的关注度很高。
今天我们来认识一下，lncRNA在植物生物学、环状RNA、lncRNA数据库方面的研究大牛吧。
华中农业大学-张启发
张启发院士现任华中农业大学生命科学技术学院教授。中国科学院院士，美国科学院外籍院士、第三世界科学院院士。美国洛克菲勒基金会水稻生物技术国际合作计划科学顾问委员会委员。由张启发院士牵头组织实施了水稻功能基因组研究工作，全国共有40多个单位参加。张启发组织项目实施6年来，取得了一系列国际前沿水平的重大成果，建立了水稻功能基因组研究较完善的技术和资源平台，使我国水稻功能基因组研究总体水平在国际占优势，具体包括：（1）用转基因方法建立27万多T-DNA插入突变体株系的大型突变体库；（2）建立了30000多个克隆的籼稻全长cDNA库；（3）优良杂交稻汕优63及其双亲的全生育期39个组织或器官的全基因组，以及干旱、低温、低氮、低磷胁迫条件下的基因表达谱；（4）建立了相应的数据库；（5）克隆了一大批控制重要性状的功能基因。这些成果为我国水稻功能基因组的进一步研究和长远发展打下了坚实基础。
综述中介绍了张启发院士的一篇文章 “A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component ofhybrid rice.”，文章报道了张院士团队确定了一条新的lncRNA-LDMAR，在杂交水稻中LDMAR为调控光周期敏感雄性不育的重要组成部分。
中山大学-陈月琴
陈教授主要从事非编码RNA与疾病、植物发育与代谢的RNA调控研究。将先进的分子生物学技术应用于生物物种资源的分子系统和进化的研究、新的生物物种资源的发现和开发利用，如特殊生态环境中新的未知生物类群的发现﹑分类鉴定及应用等，形成了跨学科优势。陈教授率先在国内将RNA技术应用于赤潮原因种的快速识别与监控中研究。建立起一种适合于微藻单个细胞的DNA分析方法，为许多难于培养藻类的分子研究开辟了道路, 这一工作已处于国际先进水平。
综述中介绍了陈教授的一篇文章 “Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice.”陈教授团队鉴定了一系列调控水稻有性生殖的lncRNA。例如，其中一个lncRNA-XLOC_057324在调控圆锥花序生长与多产方面起到重要作用。
中国农业大学-于静娟
于教授现任中国生物化学与分子生物学会农学分会理事、副秘书长。中国农业大学生物学院生化与分子生物学教授，系副主任。
研究方向为植物分子生物学与基因工程。包括作物发育相关基因的功能和调控机制、作物品质和抗逆的基因工程、谷子功能基因组学。
综述中介绍了于教授的一篇文章“Genome-wide annotation of genes and noncoding RNAs of foxtailmillet in response to simulated drought stress by deep sequencing.”于教授团队鉴定了小米中的584个lncRNAs分子，并确定其中有19个与干旱胁迫相关。
清华大学-鲁志
鲁志教授实验组的研究涉及生物信息学、系统生物学(基因组学)等领域，生命的信息是怎么样被编码在DNA和RNA的结构和序列中，以及它们是如何调控整个生物系统，是该团队主要的研究方向。致力于应用已有的分析手段和开发新的算法，去发现和诠释新的非编码RNA基因的结构和功能；运用高通量测序技术在基因组层面上去挖掘关于结构、调控等方面的新知识。最终，希望把科研成果运用到人类疾病的研究和治疗。实验室的科研项目主要包括基因组中新型非编码RNA基因的发掘和功能研究、RNA结构预测算法的开发和优化、应用机器学习和数据挖掘等手段分析高通量数据、通过高通量数据研究不同物种中的基因调控网络:
癌症发生发展中表观遗传和非编码基因标识物的发现和机理研究
模式基因组中新型非编码RNA基因的发掘和功能研究
RNA和蛋白质间相互作用中的RNA结构预测和功能研究
生物医学数据的云计算以及数据库开发
综述中介绍了鲁志教授的一篇文章“Characterization of Stress-responsive lncRNAs in Arabidopsis thaliana by Integrating Expression, Epigenetic and Structural Features.”，该实验团队报道了拟南芥在不同应激条件下，两条多聚腺苷酸化的lncRNA。
华中农业大学-叶志彪
叶志彪现任华中农业大学园艺林学学院副院长，园艺植物生物学教育部重点实验室副主任，国家现代农业产业技术体系大宗蔬菜（分子育种）岗位科学家，中国园艺学会常务理事、湖北省园艺学会副理事长、中国园艺学会番茄分会副会长。主要从事蔬菜育种和分子生物学教学和科研工作，创建了我国首例被国家批准可商品化生产的农业转基因产品，被誉为“我国果蔬耐贮藏育种的范例”。利用图位克隆方法分离并鉴定了番茄茸毛形成的关键基因（Wo），Wo通过蛋白互作的方式促进细胞周期相关基因（SlCycB2）的表达，从而促使细胞从G2期向M期的转换，最终促进表皮毛的形成。该机制的发现对于揭示植物细胞命运调控的多样性具有十分重要的价值。同时，由于Wo基因纯合后会导致番茄胚胎的败育，因此该基因的分离对于揭示番茄胚胎发育的机理也具有重要意义。
综述中介绍了叶教授的一篇文章“Expression and diversification analysis reveals transposable elements play important roles in the origin of Lycopersicon-specific lncRNAs in tomato. ”该文章揭示了番茄中，跟转座子相关的一些lncRNAs起源。
中科院-杨力
杨力，中科院上海生化细胞所研究组组长，和陈玲玲pi是同事。主要成就是sno-lncRNA的发现，以及阐释环形RNA的成环机制。杨力实验室利用高通量测序技术和相应的计算生物学分析方法，对真核生物RNA的表达调控在全转录组水平进行系统检测，主要围绕模式生物果蝇和人源胚胎干细胞及其定向分化的RNA选择性剪接和非编码RNA功能作用进行研究 ，并系统解析RNA的复杂调控网络。实验室将利用实验（包括新一代高通量测序，分子和细胞生物学等）和计算（包括统计，生物信息等）生物学的方法进行系统研究，以期拓展人类在全转录组水平对RNA重要生理功能及其调控作用的全面认识。
综述中介绍了杨力多篇研究，其中和陈玲玲的一篇文章“CircRNA-derived pseudogenes.”报道了哺乳动物基因组中，环状RNA存在假基因转座子，揭示了通过反转录作用改变宿主基因组来影响环状RNA的可能。
中科大-单革
单革现任中国科学技术大学生命科学学院教授，博士生导师,中科院“百人计划”候选人（2010）。研究内容主要包括基因表达调控、非编码RNA的功能及作用机理、模式动物中神经系统的发育与分化。1、环境对动物基因表达的调控（通过非编码RNA）。2、非编码RNA（如自然发生的反义RNA在动物细胞中的调控与功能）3、转录及转录后调控在模式动物（线虫及小鼠）神经发育中的功能。
综述中介绍了一篇单教授的研究“Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus.”文中报道了一系列含有内含子的环状RNAs，由外显子反向剪接而成（EIciRNAs）。
复旦大学-何祥火
2003年于复旦大学获理学博士学位。2003年至2006年于美国UT MD安德森癌症中心分子与细胞肿瘤学系从事博士后研究。2006年至2013年任职于上海市肿瘤研究所癌基因及相关基因国家重点实验室，研究员，PI。2014年至今任职于复旦大学生物医学研究院及复旦大学附属肿瘤医院-肿瘤研究所，教授，博士生导师。2011年国家杰出青年科学基金获得者。曾入选教育部新世纪优秀人才、上海市优秀学术带头人、上海市医学领军人才、上海市浦江人才、上海市教委曙光学者、上海卫生系统优秀学科带头人；曾获吴孟超医学基金奖一等奖、银蛇奖、明治生命科学奖；曾获教育部自然科学奖二等奖及上海医学科技奖二等奖。
主要从事消化系恶性肿瘤发生与转移的分子机理研究。
综述中介绍了一篇何教授的研究“Circular RNA is enriched and stable in exosomes: a promising biomarker for cancer diagnosis. ”文章报道了环状RNA在外泌体中存在一定的丰度，或成为肿瘤预后的一个生物学标志物。
中科院北京生命科学研究院-赵方庆
赵方庆研究员，学科方向基因组学和计算生物学。。2010年10月被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员，主要研究方向是计算基因组学。现为中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、计算生物学联合研究中心秘书长、中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任委员、副秘书长。生物信息学国际刊物《Briefings in Bioinformatics》、《Hereditas》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》编委。2012年获得中国科学院“科技创新交叉与合作团队”计划的资助，成立了“计算基因组学”交叉合作团队。
研究领域：
1、基因组变异与精准医学
2、环形非编码RNA组学
3、宏基因组技术与人体健康
综述中介绍了一篇赵方庆团队的研究，“CIRI:an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification.”，该团队设计了一个新的circRNA识别算法CIRI。
中山大学-屈良鹄
屈良鹄教授1999年任中山大学"长江学者奖励计划"特聘教授，开展功能RNA基因与RNA技术研究，建立起RNA组研究的技术体系，在哺乳动物、植物和酵 母等真核模式生物中发现和鉴定出了一大批新的小分子RNA基因，开展了植物RNA组学研究，在植物RNA基因组织及表达方式、snoRNA基因结构与 功能多样性以及采用rRNA技术研究特殊生态系统中生物资源的多样性等方面取得突破性进展。
主要的研究成果有：1）建立起RNA组研究的技术体系，在哺乳动物、植物和酵母等真核模式生物中发现和鉴定了一大批新的小分子RNA基 因。2）开展植物RNA组学研究，在植物RNA基因组织及表达方式等方面取得了突破性进展：在国际上首次报道了拟南芥11个新的snoRNA基因簇 ，发现水稻基因内含子中的RNA基因簇这一新的基因组织，揭示了植物snoRNA基因以基因簇为主体的特殊组织形式及其表达机制。应邀参与规范 国际植物snoRNA系统命名体系和国际植物snoRNA数据库构建。3）在snoRNA基因结构与功能多样性研究中取得了重要进展：发现和鉴定了酿酒 酵母中由7个新的snoRNA基因组成的第一号基因簇的结构及功能，阐明了该基因簇转录和加工的新机制。在粟酒裂殖酵母中发现和鉴定了一类 能够修饰U6snRNA的snoRNA新基因，采用基因敲除技术，首次为snoRNA指导U6snRNA 转录后修饰提供遗传学证据，并揭示了粟酒裂殖酵母 U6snRNA前体转录后在细胞核中的运输过程以及U6snRNA前体内含子剪接与分子内核糖甲基化的时序。4）采用rRNA技术研究特殊生态系统中的 生物资源，如海洋微藻与赤潮监控，复合真菌虫草属的基因鉴定，垃圾填埋场渗滤液中的厌氧微生物关键类群的多样性等均取得重要成果。
综述中介绍了一篇屈教授团队的文章，“deepBase v2.0: identification, expression, evolution and function of small RNAs, LncRNAs and circular RNAs from deep-sequencing data.”，报道了该团队设计deepBase v2.0算法。
中科院生物物理研究所-陈润生
陈润生，中国科学院院士，佛山科技学院双聘院士，1941年6月生于天津市，籍贯天津，1964年，毕业于中国科学技术大学生物物理系， 现任中国科学院生物物理研究所非编码核酸重点实验室研究员，博士生导师，国际人类基因组组织（HUGO）会员，国际数据库组织（CODATA）生物大分子专业组委员，国际纯粹及应用物理学会（IUPAP）生物信息学专业委员会委员。
完成了中国第一个完整基因组（泉生热袍菌基因组）的全部生物信息分析（组装、基因标识等分析工作）。
建立了DNA序列的统计分析、分维分析、神经网络、复杂性、局域简并度、密码学等多种方法，其中密码学方法是在国际上首次提出的。
参加了人类基因组1%的测序任务和水稻基因组工作草图的信息分析工作。
在非编码基因领域，以线虫为对象发现了百余个新的非编码基因。
确定了两个非编码基因家族。
发现了三个特异的非编码基因启动子。显示非编码基因有一套独立的转录调控系统。
在生物网络研究领域，提出将图论中谱分析用于确定蛋白与蛋白相互作用网络的拓扑结构等多种新模型。
在对非编码序列、非编码基因、非编码RNA的研究中，陈润生和他的课题组在一些特定长度范围内独立地发现了百数量级的新的非编码基因
综述中提及了陈院士的多篇数据库文章，其中“NONCODEv4:exploring the world of long non-coding RNA genes.”报道了NONCODEv4数据库中，含有210831个lncRNAs的相关信息。
北京大学-崔庆华
崔教授于2005年在中国科学院自动化研究所取得博士学位，研究方向为生物信息学与系统生物学。他2005年-2007年在加拿大国家研究委员会生物技术研究所从事博士后研究，2007年加入北京大学医学部生物医学信息学系任副教授，2012年任教授。崔博士长期从事非编码RNA的生物信息学与系统生物学研究工作，是国际上最早从事miRNA生物网络调控(Cui et al.， MSB 2006)和miRNA （Lu et al.， PLoS ONE 2008）/lncRNA（Chen et al.， NAR 2013）与疾病关系生物信息学研究的学者之一。
综述中介绍了一篇崔庆华团队的一篇文章：“LncRNADisease: a database for long-non-coding RNA-associated diseases.”，文章报道了该团队建立的lncRNA与疾病相关的数据库，lncRNADisease。
由于篇幅有限，综述中介绍的其他大神我们就不一一介绍了，综述下载链接： https://pan.baidu.com/s/1hrPHiyK 密码: kjrp
That's all. Thank you!
请长按二维码识别关注“小张聊科研”。
关注后即可获取《科研修炼手册》1.0和2.0。